В настоящее время в общую организационную структуру АО НИИСТ входят следующие Лаборатории:
- Лаборатория технических средств для строительства и ремонта трубопроводов и резервуаров
- Лаборатория технологии ремонта трубопроводов и резервуаров
- Лаборатория технологии строительства переходов через преграды
- Лаборатория прочности и надежности
- Лаборатория полигонных испытаний*
- Лаборатория неразрушающего контроля*
- Лаборатория неметаллических трубопроводов и композитных материалов
- Лаборатория анализа коррозионного и технологического состояния трубопроводов*
- Лаборатория заводской антикоррозионной изоляции
- Лаборатория лакокрасочных покрытий
- Лаборатория трассовой изоляции
- Лаборатория металлических антикоррозионных покрытий
- Лаборатория электрохимической защиты
- Лаборатория тепловой изоляции и теплотехнических расчетов
- Лаборатория инвестиционного анализа
* Лаборатории функционируют частично
